NRTIC bendradarbiauja su šiomis Lietuvos organizacijomis:
Lygių galimybių kontrolieriaus tarnyba – savarankiška institucija, atskaitinga Seimui. Į kontrolieriaus tarnybą gali kreiptis vyrai ir moterys, patyrę diskriminaciją dėl savo lyties darbo, švietimo, prekių ir paslaugų teikimo sferose ar patyrę seksualinį priekabiavimą.
Nacionalinis lygybės ir įvairovės forumas – nacionalinis bendradarbiavimo tinklas, vienijantis nevyriausybines organizacijas, atstovaujančias diskriminacijos atžvilgiu pažeidžiamas gyventojų grupes, siekiant bendrųjų tikslų kovoje prieš diskriminaciją lyties, negalios, seksualinės orientacijos, amžiaus, religijos ir įsitikinimų, rasės ar etninės kilmės pagrindu.
Vytauto Didžiojo universiteto Socialinių mokslų fakulteto Sociologijos katedra – NRTIC kasmet priima vieną ar kelis VDU SMF Sociologijos katedros studentus praktikai.
Lietuvos religijotyrininkų draugija – Lietuvoje dirbančius ir/arba religija Lietuvoje besidominčius religijų tyrinėtojus iš įvairių mokslinių disciplinų vienijanti asociacija.
NRTIC bendradarbiauja su šiomis užsienio organizacijomis:
INFORM – Londone veikianti organizacija, teikianti informaciją apie Naujuosius religinius judėjimus.
CESNUR – Naujųjų religijų studijų centras, Turine (Italija) įsikūrusi tarptautinė naujųjų religijų studijų organizacija.